O Manual de Auditoria Interna, refere-se a diretrizes para condução das ações de fiscalização no âmbito deste órgão. É ferramenta essencial, construída com base nas Normas de Auditoria Governamental (NAG) e instituída por resolução Plenária. Seu conteúdo uniformiza procedimentos em técnicas de auditoria, aumentando a confiabilidade das atividades de fiscalização.